Les auteurs du courant institutionnaliste ont porté leur attention sur des aspects négligés par les néoclassiques : quelles sont les règles, ou "institutions", qui nous permettent d'agir ensemble, dans des entreprises, des administrations, sur des marchés ? Mais la réponse que ces auteurs apportent utilise des méthodes très différentes de celles des néoclassiques, empruntant à certains courants sociologiques l'idée que ces structures qui encadrent nos actions en sont en partie indépendantes.

À partir des années 1970, des économistes vont chercher à unifier les méthodes d'analyse en privilégiant celle préconisée depuis un siècle par les néoclassiques : partir des choix individuels, et de l'hypothèse qu'ils sont rationnels, pour expliquer les comportements, les interactions, mais aussi les institutions qui les encadrent. D'où le terme utilisé pour les identifier : "néo-institutionnalistes". Ces travaux ont permis de renouveler l'analyse économique sur des questions importantes comme la nature de l'entreprise (Ronald Coase et Oliver Williamson) et la gestion des biens communs (Elinor Ostrom).